民国的建立表明了反满的民族主义获得了胜利，但袁世凯的复辟、军阀之间的混战和政客的权力腐败以及帝国主义列强的肆无忌惮，使民族主义的重心转向了反帝以及思想的重新启蒙。袁批准执行的《二十一条》是新一轮反帝的导火线，没有人同意日本在政治、财政、军事和警察方面承担顾问或参谋的角色，那是使中国彻底地失去主权。同时，更多的知识分子认为，只有使国民的思想有了彻底的觉悟，才能够分清是非并真正适应时代的变化，国家才有可能获得新生。新一代知识分子的出现，促使思想文化领域开启了新的运动，人们将从袁世凯复辟帝制的失败到北伐时期在思想文化领域出现的一系列新现象统称为“新文化运动”，而1919年爆发的“五四运动”被认为是新文化运动的高潮，之后，新文化运动的动能被引入了具有社会实践性的政治方向。的确，甚至在整个20世纪，只有新文化运动构成了对之后不同历史时期深刻的影响，并时常与春秋战国时期的百家争鸣相并提，因此，又被表述为“中国的文艺复兴”。
基于蔡元培更早地参与了反满革命，并在北大任校长之后为一大批年轻的知识分子提供了思想运动的条件，蔡被视为新文化运动的导师。[1]
1898年，蔡元培就彻底放弃了由科举考试赋予他的清廷官职，回到家乡任绍兴中西学堂校长，他认为维新运动失败的原因主要是没有人才，“不先培养革新之人才，而欲以少数人戈取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”[2]。1901年，蔡到上海南洋公学任特班总教习。学生黄炎培以后回忆蔡元培时提及了蔡鼓励学生学会演说，以便于走向社会更有效地开启民智，救国图存。与许多革命党人不同，蔡元培更相信普遍觉悟的重要性。所以他始终坚持通过教育培养人才。蔡元培曾对他与叶瀚、蒋观云等人于1902年4月成立的中国教育会的宗旨解释为实现共和理想。曾任爱国女学校长的蒋维乔在1936年1月1日出版的《东方杂志》第33卷第1号中的“中国教育会之回忆”一文里说，教育会是“表面办理教育，暗中鼓吹革命”。蔡元培自己在谈到教育会和稍后创办的爱国女学时承认：爱国女学“初办时，在满清季年，含有革命性质。盖当时一般志士，鉴于满清政治不良，国势日蹙，有如人之罹重病，恐其淹久而至于不可救药，必觅良方以治之，故群起而谋革命。革命者，即治病之方药也。上海之革命团体，名中国教育会。革命精神所在，无论其为男为女，均应提倡，而以教育为根本。故女校有爱国女学，男校有爱国学社”[3]。
实际上，爱国学社创办的直接原因是11月份南洋公学的学生因思想和言论的自由与校方冲突直至发生的退学风潮。南洋公学的学生认为教习郭振瀛“悍然以奴隶待学生”，而总办复顽钝又“抑压学生言论之自由”，于是，那些渴望自由的学生不堪忍受，决定退学。校方认为学生的自由主义思潮与蔡元培平时的教育内容和对学生灌输的革命思想有关，故对蔡加以指责，并将学潮的责任归之于蔡。这样的结果是，先生与学生共同退学。中国教育会在收到有二百余名退学学生签名的求助信之后，很快创立了爱国学社。三个月后，最早断发易服的章太炎受蔡元培的聘请到爱国学社讲学。完全可以想象，这个将邹容的《革命军》视为“今日国民教育之第一教科书”的知识分子在爱国学社讲学期间，主要是从事革命的鼓动工作，正如他自己所说的，“多述明清兴废之事，意不在学也”[4]。由于蔡元培等人的示范和具体策动，特别是他们在《苏报》开辟“学界风潮”专栏中不断的自由化鼓动，导致学潮事件经常发生[5]。在一定程度上，爱国学社容易使人回想到梁启超和谭嗣同在十多年前在湖南长沙主持的时务学堂和南学会。它们的相似之处是有意无意地使学校成为一种相对独立的政治策划机构，学生成为政治组织中的成员，而教师则自然成为领导者与组织者。另一方面，正如《湘报》和《湘学报》是维新机构的专门报纸一样，《苏报》在与教育会签约之后，事实上成了教育会这个政治团体及相关革命党人的政治机关报。直到1907年6月随驻德公使孙宝琦赴德国留学，蔡元培的政治活动才暂告段落。
1913年，蔡元培对针对他随唐绍仪一并提出辞职以致影响即将召开的全国临时教育会议而进行指责的人说，在没有共和政治制度保障的前提下，什么事也做不了。他像几年前一样，见政治处于困难之中，就又远离她而去，到德国莱比锡作学问去了。“二次革命”时期，蔡元培又应孙中山的要求回国开展讨伐袁世凯的革命，但蔡元培对武力解决的方式已不赞成。在袁世凯主动向南方国民党进攻之前，蔡元培对国民党人应具有的立场作了个人阐述，他说：“吾党革命，本为大多数人民谋幸福，今仍当体察大多数人民之心理。现多数人民不主极端进取，然受人刺激，被人蹂躏，吾多数国民，必共抱不平。吾党只须以坚忍之决心，持稳定之步调，誓死缔造真正共和，则多数国民，必表同情，吾党自有战胜之一日者。吾同志诸公，处此危疑艰险之日，惟有运静细之心思，蓄坚实之力量，采取舆情，以维持大局，则民国幸甚。”[6]
袁世凯的死和权力的更替对于大多数有责任感的知识分子来说，无疑又提供了一次参政的机会。在接到黎元洪政府教育部长范源濂的促归电后，蔡元培又回国了。他在就任校长几天后给汪精卫的一封信中说：“在弟观察，吾人苟切实从教育入手，未尝不可使吾国转危为安。”[7] 蔡元培于1916年11月回到上海后与国民党同志对是否进京出任北大校长进行了再次斟酌。作为也是刚从德国回来的同盟会重要成员、很快就是护法军政府交通部长的马君武，对在军阀控制的混乱区域进行并非属于直接的政治斗争的教育工作是否能够取得成效没有信心，他甚至替蔡元培的名声着想，腐败的北大可能会影响蔡的革命形象。而孙中山对蔡元培的建议完全是战略性的考虑，在孙中山看来，在北京争取合法化的身份对于国民党正派势力的发展无疑具有作用。北大是年轻人和知识分子的聚集地，在那里发展进步力量、扩展国民党的党务工作是完全有可能的。
在蔡元培就任之前，从京师学堂转变过来的北京大学的情况并没有像上海的同盟会员所认为的那样简单。北大的历史受惠于戊戌维新的知识分子康有为、梁启超，北大前身京师大学堂正是在1898年的维新事业中形成的。尽管康梁的事业很快就出现危机，但慈禧并没有将京师大学堂废停。在张百熙被任命为管学大臣后，原京师大学堂的洋人总教习丁韪良被原洋务派李鸿章幕下的桐城派人物吴汝纶接替。但是，这丝毫没有影响对西学的引进。吴设立译书局，并聘请严复为总纂。辛亥革命之后，袁世凯任命严复为京师大学堂的总督。严复所受到的教育与影响自然使他对西方知识大加推崇。严复对教育的改革是加强外语教学的势力，这给予了那些保守分子以口实，他们攻击严聘请大量外籍教师的措施为“盲目崇拜西洋文明”。紧接着1912年的5月，严复申请教育部门批准京师大学堂改名为北京大学，这表明了严复对旧教育的厌烦，因为“京师大学堂”几个产生于清政府时期的字，容易使人联想到科举进士。1913年春，章太炎的一些学生陆续进入了北大。虽然这个激进的知识分子于1907年之后发生了人生观的转变，但是他的名声仍然具有影响力。年轻教师的进入，逐渐结束了北大的沉闷与平静。
出任北大校长之后，蔡元培希望将他在德国习惯的学术争鸣空气在北大得到推广，因而他确立了一个被表述为“兼容并包”的办学方针。他说思想的自由是大学之为“大”的前提。然而，这种教育和学术的指导思想基本上是缺乏稳定的国家政治制度基础的。蔡元培能够在北大相对独立地进行民主的事业，与国家政治人物的权力更替出现暂时的权力空隙有关。黎元洪之所以同意蔡元培的出任，与他接任总统后，意欲在公众中树立他坚持共和政治的形象有关，他并不在意蔡是去浙江当省长还是来北京当大学校长。因此，无论有意还是无意，蔡元培在“兼容并包”的学术旗帜下迅速将一群开始从不同角度影响历史的重要人物组织在一起：1月，陈独秀被聘为文科学长；4月，周作人被请进北大---于7月聘为文科教授；7月，章士钊被聘为文科教授；8月，胡适应聘为文科教授；9月，钱玄同和刘半农被正式聘为文科教授；11月，李大钊被聘为图书馆主任。
注释：
[1] 在1917年1月就职北京大学校长之前，蔡的大多数时间是在政治活动中度过的。尽管蔡元培在三十六岁时还参与了杨笃生、何海樵、章士钊等人组织的暗杀组织,但他因在北大的卓越贡献,以致留给以后知识分子心目中的形象是温和而充满学者雅量的。
[2]《蔡孑民先生言行录》（上），第5页。
[3] 蔡元培:“在爱国女学校之演说”，载《东方杂志》第14卷第1号，1917年1月15日。
[4]《太炎先生自定年谱》，《近代史资料》1957年第1期。
[5] 蔡元培和吴稚晖曾通过电文的方式对于1903年4月章士钊、林懿均等31名学生退出南京江南陆师学堂表示过支持,并帮助他们进入爱国学社。不久,蔡吴又通过在《苏报》上发表“敬告浙江同志”一文对杭州浙江求是大学堂80多名学生的退学表示支持，建议学生自己建立学校，并答应给予经济上的赞助。
[6]“国民党交通部茶会纪事”（续）,载于《民立报》，1913年6月12日。
[7] 转引自张晓唯:《蔡元培评传》百花洲文艺出版社1993年版，第72页。见《蔡元培全集》第3卷，第26页。